Yu☆Gi☆Oh! VRAINS Ada sebuah kota di mana sistem jaringannya telah berkembang dengan pesat. Nama kota itu ialah Den City. Di kota ini terdapat teknologi jaringan tercanggih yang dikembangkan oleh perusahaan SOL Technology, yaitu sebuah Ruang Virtual yang bernama LINK VRAINS. Dan di Ruang Virtual ini banyak orang yang bersemangat berduel dengan teknologi terbaru ini. Akan tetapi, di LINK VRAINS, muncul grup peretas misterius yang meretas melalu duel bernama Ksatria Hanoi. Tujuan mereka adalah menghancurkan Dunia AI yang dikenal dengan sebutan Cyberse yang terdapat di jaringan terdalam.
Hanya ada satu duelist yang berani menghadapinya. Namanya adalah Playmaker. Dia menjadi terkenal di Dunia Jaringan karena mengalahkan Ksatria Hanoi. Tapi identitas sebenarnya dari Playmaker adalah anak SMA biasa bernama Fujiki Yusaku yang berusaha menghentikan Ksatria Hanoi yang menyerang LINK VRAINS untuk menemukan kebenaran tentang kejadian yang terjadi di masa lalu.